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Taller formativo herramientas/servicios bioinformáticos
6 06Europe/Madrid junio 06Europe/Madrid 2024 @ 09:00 - 7 07Europe/Madrid junio 07Europe/Madrid 2024 @ 20:00
Taller formativo de verano que permitirá conectar a desarrolladores de herramientas bioinformáticas con los Servicios de Bioinformática de los institutos del CSIC.
El evento tiene como objetivo la formación, por parte de los desarrolladores, de analistas ubicados en distintos servicios de bioinformática del CSIC, en la utilización de herramientas para su aplicación en los análisis que realizan para usuarios finales.
De esta manera, se pretende favorecer la transferencia del conocimiento BCB dentro del CSIC, capacitar a los servicios, y generar un mecanismo de retroalimentación entre desarrolladores, usuarios y servicios.
Single Cell RNAseq data analysis and cellular transcriptomics
This is a hands on mini course focused on the analysis of single cell RNA sequencing data using R (programming language for statistical computing, cran r project org) and R libraries such as SEURAT (satijalab org/seurat/) to quantify the gene expression profiles of single cells, identify specific cell types with corresponding gene signatures, and obtain molecular phenotyping of the cells. (Javier De Las Rivas – IBMCC, CSIC USAL)
Integración multiomics y transcriptómica en Long.reads
Integración multiómica Redes de regulación multicapa con MORE, e interpretación functional con Paintomics Transcriptómica de long reads per procesado cuantificación anotación y expression diferencial con SQANTI3 y tappAs. (Ana Conesa -I2SysBio, CSIC)
Ensamblaje de genomas bacterianos
MAGs genomas microbianos extraídos de los metagenomas binning de los metagenomas control de calidad de los
genomas obtenidos, clasificación taxonómica, detección de los virus y plásmidos y sus conexiones con hospedadores microbianos. (Maria Dzunkova – I2SysBio, CSIC)
Ensamblaje de genomas virus
PePApipe a complete bio informatic analysis pipeline for African Swine Fever virus genomes This is a hands on demonstration of how to run a full analysis of ASFV viral genomes from Illumina short reads. It has been programmed in python language and can be run locally or using a bash script on a slurm protocol It contains 12 built in software tools to perform trimming, quality analyses, denovo assembly and mapping to a reference genome in order to obtain its putative variants It can be easily adapted to viruses
other than ASFV. (Vicente López – INIA, CSIC)